в Хаконе ведет отдельная линия, но туда можно получить бесплатный пасс на сутки. То есть если JR пасс стоит больше билета Токио-Киото-Токио, стоит ли он того? Наверное зависит от того, можем ли мы на JR поехать в Нару и Камакуру. Кстати, на самом быстром шинкансене из Токио в Киото JR не действителен.