Ну да, вопрос именно чего хотеть.
Киото - дворцы (в японском, не нашем, понимании), храмы, старый город, узкие улочки, колорит, по английски не говорят (но язык жестов международен). Ну и вот Нару и деревянный замок рекомендую.
Хаконе - природа, бассейны, если повезет, то и Фудзи можно увидеть.
Токио - мегаполис, технологии, английский.

Из еды - очень советую ходить есть кайсеки (это комплексный обед); в риокане в Хаконе оно и будет, и в Киото советую.