О, мы как раз были в Киото (6 дней) и в Хаконе (3 дня), очень рекомендую именно так (ну, можно в Киото чуть меньше). А в Токио мы были полдня - мало что увидели, конечно, но и не пожалели особо, колорит не там, там мегаполис.

Из Киото можно (и нужно) в пару мест съездить, куда легко и быстро на электричке доехать - Нара и (забыла название) старый японский деревянный замок.
Вот наши фотки оттуда: http://taycher.fotki.com/travel/2006/honeymoon_japan/
Каждая поездка - полный день.